El destructor naval Vengeur atraca en el puerto francés de Brest. Allí, un apuesto marinero belga llamado Querelle que ejerce un innato poder de fascinación y de seducción sobre cuantos le rodean, traiciona y asesina a Vic, su cómplice en el tráfico de drogas. El fornido paria acude entonces a un famoso burdel dirigido por la excéntrica Lysiane, donde iniciará un viaje de autodescubrimiento homosexual muy intenso y violento que lo cambiará para siempre.