Nació en Madrid en 1962 y realizó estudios de danza antes de licenciarse en Geografía e Historia por la Universidad Complutense. Hija del productor Elías Querejeta, fue precoz en su vocación y con 13 años debutó como actriz en Las palabras de Max, de Emilio Martínez Lázaro, ganadora del Premio OCIC en el Festival de Berlín. Posteriormente participó como actriz en varios cortometrajes y fue auxiliar de dirección de Carlos Saura en Dulces horas (1981), antes de debutar tras la cámara en 1987 con el cortometraje Tres en la marca, primer capítulo de la serie 7 huellas, estrenado en la Sección Oficial de la 32 Semana.
En 1990 dirigió junto a Jesús Ruiz y Nacho Pérez de la Paz el cortometraje documental El viaje del agua, ganador del Premio Goya, y ese mismo año escribe y dirige La adolescencia, un capítulo de la serie El hombre y la industria. En 1992 dirige su primer largometraje, Una estación de paso, que se alzó con el Premio Especial del Jurado en la 37 Seminci y se estrenó en la sección Panorama del Festival de Berlín, y a partir de ahí comienza una brillante carrera como guionista y directora.
Su filmografía incluye largometrajes como El último viaje de Robert Rylands (1995), premio a la mejor película, dirección, fotografía, montaje y música del Círculo de Escritores Cinematográficos; Cuando vuelvas a mi lado, Premio Especial del Jurado y mejor fotografía en el Festival de San Sebastián, que cosechó ocho nominaciones a los Goya; Héctor (2004), mejor película y mejor actriz en el Festival de Málaga; Siete mesas de billar francés (2007), mejor guion y actriz en San Sebastián, y Premio Goya a las mejores actrices protagonista y de reparto; 15 años y un día (2015), mejor película en Málaga y ocho nominaciones a los Goya; Felices 140 (2015), nominada a dos Goya; Ola de crímenes (2018), el documental Tanto monta (2019) y la reciente Invisibles (2020).
Además, ha dirigido cortometrajes como Fracaso escolar (2012), Cordelias (2014) y Txintxorro (2016), y diversos episodios en series de televisión como Hospital Central, Cuéntame cómo pasó, La República o Madres, entre otras, y desde el año 2000 combina su labor en el cine con la realización de películas publicitarias.